Además de una crítica al origen y a los intereses que hay detrás del Proceso, la forma en que se ha puesto en marcha trae consigo numerosas críticas: estructura, financiación, intereses personales…
El Ministerio de Educación y Ciencia en el año 2007 decide que las enseñanzas de grado tengan una estructura de 4+1(+2) cursos académicos. Sin embargo en la mayoría de los países europeos la estructura decidida es de 3+2. Esta diferencia supone una primera contradicción con los objetivos principales del Proceso: el reconocimiento de los estudios y seguro que dificulta de forma innecesaria la movilidad del alumnado. Puede que existan
buenas razones para haber seleccionado una duración de cuatro años en las enseñanzas de Grado aunque se trata un punto más bien de divergencia europea que de convergencia.
Continuando con el tema del reconocimiento y la facilidad en la movilidad, se ha permitido una libertad casi total en la nueva ordenación universitaria lo que originará títulos del mismo nombre con enseñanzas muy diferentes. Tan sólo el 50% de las asignaturas del primer curso son similares entre las universidades de Oviedo, Barcelon ay la Carlos III de Madrid para el caso del grado de ingeniería mecánica.
Otro de los problemas organizativos que han surgido en la universidad española es la puesta en marcha de los nuevos masteres - en el curso 2009/2010 ya no se cursan los tradicionales planes de doctorado - y en casos como el de la Universidad de Oviedo antes incluso que el inicio de los grados, lo que significa que hasta el curso 2013/2014 van a perdurar las viejas titulaciones.
La mayoría de los gobiernos regionales no disponen de fuentes de financiación suficiente para llevar a cabo a transformación según las directrices originales. Esto se concreta por ejemplo en el número de alumnos por grupo de teoría y profesor. La mejora de la calidad conllevaría el trabajo de grupos pequeños, pero finalmente los grupos de teoría se establecen en función de la disponibilidad de profesorado de cada universidad. El Plan Bolonia está diseñado para ser implantado siguiendo unos parámetros precisos. Si alguno de ellos no se cumple, la eficacia del proceso puede ser nula, e incluso negativa para el alumno, por ello, todo lo que no sea posibilitar ese cambio acercándolo al modelo original, es desvirtuar la propuesta e incluso cometer un fraude al alumno. En el caso de la Universidad de Oviedo, el número es de 80 alumnos por grupo de teoría. Paz Suárez Rendueles, vicerrectora de la Universidad de Oviedo
afirma que «...no podemos reducir los grupos. Si hay departamentos que tienen profesores suficientes y quieren desdoblarlos, que lo hagan, pero si se generan bajas laborales, ellos han de cubrir las suplencias. No podemos contratar a nadie»
Una vez desarrollados los Reales Decretos, en cada universidad se crean grupos de trabajo, de sabios, de expertos, comisiones y comités que de forma autónoma entran en detalle de las renovaciones de los estudios. La situación actual, en la que ya se han definido las asignaturas de los nuevos planes de estudio de las ingenierías deja atrás un reguero de luchas internas que a río revuelto han tratado de ganar más poder. En el caso de las tradicionales ingenierías técnicas, se “gana” un año académico y los representantes de las comisiones han luchado por sus nuevas cuotas de poder sin tener presentes las nuevas directrices “ideales” del Proceso. La premura en que han tenido que trabajar los grupos de trabajo posiblemente haya contribuído a una organización más improvisada y no discutida.
Resumido en palabras de Manuel Cruz, catedrático de filosofía de la Universidad de Barcelona:
“No pretendo abrir aquí un debate sobre la meritocracia o sobre la democracia censitaria, pero constato que, en contra de lo que a primera vista podría parecer (y resultaría deseable), la presunta democratización en el acceso a los cargos ha provocado la generalización de procedimientos dudosamente democráticos, lo que en el caso de la elaboración de los nuevos planes de estudio se ha concretado en la designación, por parte de las autoridades académicas, de comisiones pretendidamente técnicas que terminaban decidiendo acerca de cuestiones de contenido a uña de caballo, eliminando asignaturas y proponiendo otras nuevas, sin dar ocasión a que tuviera lugar un debate abierto, en el que pudieran participar todos los sectores afectados."